LOINC

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Lin Zhang讨论 | 贡献2016年7月13日 (三) 15:04的版本 外部链接

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LOINC徽标

观测指标标识符逻辑命名与编码系统(Logical Observation Identifiers Names and Codes,LOINC) 是一部数据库和通用标准,用于标识实验室检验项目及临床观测指标。LOINC数据库旨在促进临床观测指标结果的交换与共享。其中,LOINC术语涉及用于临床医疗护理、结局管理和临床研究等目的的各种临床观测指标,如血红蛋白、血清钾、各种生命体征等。当前,大多数实验室及其他诊断服务部门都在采用或倾向于采用HL7等类似的卫生信息传输标准,以电子消息的形式,将其结果数据从报告系统发送至临床医疗护理系统。然而,在标识这些检验项目或观测指标的时候,这些实验室或诊断服务部门采用的却是其自己内部独有的代码。这样,临床医疗护理系统除非也采用结果产生和发送方的实验室或观测指标代码,否则,就不能对其接收到的这些结果信息加以完全的“理解”和正确的归档;而当存在多个数据来源的情况下,除非花费大量的财力、物力和人力将多个结果产生方的编码系统与接受方的内部编码系统加以一一对照,否则上述方法就难以奏效。作为实验室检验项目和临床观测指标通用标识符的LOINC代码解决的就是这一问题。

  LOINC数据库实验室部分所收录的术语涵盖了化学、血液学、血清学、微生物学(包括寄生虫学和病毒学)以及毒理学等常见类别或领域;还有与药物相关的检测指标,以及在全血细胞计数或脑脊髓液细胞计数中的细胞计数指标等类别的术语。LOINC数据库临床部分的术语则包括生命体征、血液动力学、液体的摄入与排出、心电图、产科超声、心脏回波、泌尿道成像、胃镜检查、呼吸机管理、精选调查问卷及其他领域的多类临床观测指标。

  Regenstrief研究院(Regenstrief Institute, Inc.)最初于1994年建立了LOINC,且至今一直负责着它的维护工作。Regenstrief研究院是一家国际上公认的非营利性医学研究机构。LOINC是针对临床医疗保健与管理工作在电子数据库方面的需求而创建的。公众可免费获得和使用LOINC。Regenstrief 研究院(Regenstrief Institute)一直负责并承担着LOINC数据库及其支持文档的维护工作。如今(截至2015年10月08日),LOINC标准已经具有英语、德语、法语、西班牙语及简体中文等共计20个语种/方言,而其网站已经拥有41518 位用户,分别来自170个国家/地区

LOINC资源下载

如果希望下载LOINC资源,请在LOINC网站注册并登录即可。

LOINC 数据库与 RELMA 软件完整压缩包

ZIP压缩包之中含有RELMA®映射助手的安装包以及全部的核心LOINC®文件,包括LOINC®数据库表(所有格式)、技术文档以及各种附属文件。

LOINC 数据库表

LOINC 数据库表之中的字段包括LOINC代码、LOINC正式命名的6个组成部分的相应字段、同义词、备注及其他信息。分发形式包括CSV格式的文本文件、Access数据库以及变更文件变更报告。技术文档包括LOINC发布说明以及内容全面的LOINC用户指南

LOINC 附属文件

随同LOINC发布的还有若干衍生自核心LOINC标准的附属文件。

LOINC 组合与表单文件(LOINC Panels and Forms File)

这是LOINC之中所表达的基本组合和表单的导出形式。该文件中包含有许多领域的内容,包括:实验室检验组合项目、临床评估、量表与指标、临床文档与摘要组合、诊断学检查组合(非实验室类)、美国政府组合(包括CMS调查表:MDSv2、MDSv3、OASIS和CARE)、调查问卷以及其他种类的组合。其中,层级结构的表达采用的是三个字段PARENT_ID、ID和SEQUENCE。根节点或者说顶层记录是那些 PARENT_ID = ID 的记录。这些记录保存在Microsoft Excel 电子表格当中,并压缩为ZIP文件,且表单结构、LOINC代码详情和答案列表(answer lists)分别有各自的工作表(选项卡)。
注意:2015-12-21 LOINC 2.54版对应的这一文件,在2015-12-31进行了订正更新,请重新下载。

LOINC 语种文件(LOINC Linguistic Variants File)

这是 LOINC 不同语种(Linguistic Variants)的导出形式。该ZIP文件压缩包当中包括:
1) CSV文本格式的特定语种的LOINC术语集;其中,每条记录分别为一行(行尾以回车与换行符CR/LF结束),且字段之间采用逗号加以分隔;
2) LinguisticVariants 数据库表采用CSV文本格式列出了现有可用的语种内容;
3) 文本文件格式的LOINC许可协议。
正如LOINC许可协议中所述,与LOINC的主要发布内容一样,这些翻译内容有着相同的许可权利和限制条款。

LOINC 多轴层级结构文件(LOINC Multiaxial Hierarchy File)

LOINC 多轴层级结构文件(LOINC Multiaxial Hierarchy File)便于计算机处理格式的导出形式:该文件之中的记录代表的是此层级结构当中的节点,既有LOINC组成部分(LOINC Parts),也有完整的LOINC代码。SEQUENCE字段提供的是该层级结构所有层次上的有序序列。PATH_TO_ROOT为空值(null)的节点为该层级结构当中的顶层节点。文件格式为“逗号分隔型取值”文本文件(ZIP压缩文件),可以采用Microsoft Excel来读取,且适合于导入到最常见的数据库平台当中。在Excel中打开此文件时,请注意的问题就是,Excel会自动将代码列"CODE"的一些字符串转换成日期【因此,不要按照默认设置导入,应在逐步导入过程中,将此类列设置为文本类型,然后再继续导入】。详情请参见 http://bit.ly/io5Pv

LOINC 文档本体文件(LOINC Document Ontology File)

这是文档本体类(DOC.ONTOLOGY)之中的LOINC术语及其所包含的来自文档本体各个轴的那些取值的导出形式。这些概念轴取值的标识采用的是LOINC组成部分编号(LOINC Part Numbers,如LP#####-#),并依据其类型(环境<Setting>、服务类型<TypeOfService>等)加以了分类。有些LOINC术语包含来自同一概念轴的多个文档本体取值的组合,因而采用PartSequenceOrder字段来表示这些取值在该轴当中的正确顺序。此ZIP压缩文件之中包括:1) CSV文本格式的文档本体文件;其中,每条记录分别为一行(行尾以回车与换行符CR/LF结束),且字段之间采用逗号加以分隔。2) 文本文件格式的LOINC许可协议。

LOINC 语境特异性层级结构模板文件(LOINC Context-specific Hierarchy Template File)

通用 LOINC 语境特异性层级结构(LOINC Context-specific Hierarchy model)的模板采用Microsoft Access™数据库格式,并压缩为ZIP文件。关于该数据库模式(schema)的详情,请参见RELMA用户手册当中的语境特异性层级结构(CONTEXT SPECIFIC HIERARCHIES)一节。

LOINC 前2000项常用结果项目代码集(LOINC Top 2000 Results)

利用帕累托原理(Pareto Principle,80/20律)
本地实验室检验项目代码与LOINC的映射工作一眼看上去可能显得有些吓人,但请您不要担心。为了帮助大家能够着手开始映射工作,LOINC委员会基于实际工作经验,建立了一份最常用LOINC结果项目的代码列表。
相对很少的代码即可覆盖大量的常规实验室检验结果数据;基于这一发现,LOINC委员会认为这张 Top 2000+ 列表将会成为您绝好的“开胃菜(starter set,起始代码集)”。在这张列表中,收录了刚过2000条LOINC代码,且它们代表着三家大型医疗机构98%的检验项目数据量,且这三家机构已将各自的实验室检验项目与LOINC代码进行了映射。
目前,LOINC Top 2000+ 实验室观测指标列表备有两种版本:
美国版(US Version):倾向于采用质量单位(如mg/dL)来报告结果者;
国际单位制版(SI Version):倾向于采用摩尔单位(如mmol/L)来报告结果者;
与Top 2000+列表相配套,LOINC委员会还编写了映射人员指南(Mapper's Guide),就针对特定目的选择代码的工作,提供了大量丰富的忠告、建议和指导意见。您可以利用当前小节标题所提供的链接来下载上述资料。
LOINC 数据库表和 RELMA 数据库之中都用到了 Top 2000+ 的排名数据
在LOINC数据库表的字段COMMON_TEST_RANK当中,存储有Top 2000+ LOINC术语的相对排名(relative rank,相对秩次);这样,在您直接处理和使用该文件时,就会相当方便。同时,桌面映射程序RELMA也提供有名为“common lab tests only”(仅为常用实验室检验项目)的筛选条件,从而就可以对搜索加以限制,仅仅返回上述常用项目列表当中的代码。这个功能很酷吧!在使用RELMA的时候,不妨亲手试他一试。另外,在线搜索程序也提供了与RELMA类似的功能,也可以在搜索结果当中看到和使用排名数据。

常用UCUM计量单位(Common UCUM units)

您是不是想实现手头数据计量单位的标准化,但又被UCUM给吓住了呢?有了这张方便的转换表,您就可以立马动手啦!
乍一看,计量单位统一代码(Unified Code for Units of Measure,UCUM)标准貌似可能相当复杂。但是,对于您所使用的大多数单位来说,UCUM表达方法(representation)都非常易于识别。而且,就许多简单的单位而言,UCUM句法(syntax)实际上与您当前所采用的字符串没有什么两样。为了帮您干起了,UCUM的制定者们建立了这张转换表(translation table),其中枚举的是适合于当前电子报告中所采用的许多常用计量单位模式(common unit patterns)的UCUM句法。
早期版本侧重于那些基本的计量单位。该版本有三个方面的依据:1) Intermountain Healthcare 所提供的内容;2) 旨在分析超过23家实验室来源的原始计量单位数据的,美国国立医学图书馆(National Library of Medicine,NLM)与Regenstrief研究院的一个联合项目;3) HL7 计量单位表(HL7 table of units)。其中,排除了那些无法找到明确定义或运用模式的计量单位、编制者认为仅仅供药房配药/发药使用的计量单位,以及那些纯粹用于临床报告的计量单位(如香烟包数/年)。同时,该表之中收录了数据源当中大多数纯粹的公制单位(metric units),无论它们是否直接用于实验室检验工作,因为此类计量单位总体上是有用的(并且,采用UCUM表示时,也相当简单明了)。
前言部分当中介绍了用来生成这张转换表的过程。在若干新的版本当中,我们进行了几次迭代式改进。

LOINC - SNOMED CT 表达式关联与映射集 - 技术预览版

LOINC - SNOMED CT 表达式关联与映射集 - 技术预览版 (LOINC - SNOMED CT Expression Association and Map Sets - Technology Preview)的编制乃是2013年7月Regenstrief研究院与IHTSDO之间签署的协作协议的组成部分。
这份协议详细说明了究竟会如何通过下列方面把SNOMED与LOINC链接起来:
1) LOINC 术语与已有的后组式 SNOMED 概念表达式(post-coordinated SNOMED CT expressions)的映射;
2) LOINC 组成部分(LOINC parts)与 SNOMED 概念的映射;
3) LOINC 术语与已有的先组式 SNOMED 概念(pre-coordinated SNOMED concepts)之间的映射
4) 与 SNOMED 代码相映射的 LOINC 答案集(LOINC Answer sets);
5) 两部术语集之中新内容的添加。
这一技术预览版之中收录的是与上述第1、2和5项相关的工件。其中,包括两个主要的集合:
1) LOINC 术语 — SNOMED 表达式参考集(LOINC Term to SNOMED Expression Reference Set)
2) LOINC 组成部分 — SNOMED 参考集(LOINC Part to SNOMED Reference Set
这一技术预览版之中收录的内容来自于IHTSDO SNOMED 国际版(International release)的 20150731 版以及 LOINC 2.50 版。关于这一技术预览版的详情,请参见ZIP压缩包当中的发布说明。这一技术预览版的发布仅仅旨在用于评价目的。当前,并不适合用于将其用于实际的临床信息系统(production clinical systems)和临床环境。
目前,尚不支持在临床信息系统当中的实际应用。

LOINC/IEEE 医疗器械代码映射表

LOINC/IEEE 医疗器械代码映射表(LOINC/IEEE Medical Device Code Mapping Table)是Regenstrief研究院分发的一项IEEE-SA与Regenstrief研究院之间的协作成果。其主文件之中收录的是LOINC术语与IEEE EMB/11073标准内容之间的映射关系。就LOINC的现行版本(v2.54 2015-12-21)而言,该文件中收录有LOINC代码、详称(Long Common Name,长俗称)以及任何合适的归属声明(attribution statement)。就IEEE 11073-10101而言,该文件中收录有引用标识符(Reference ID)、数字型代码(Numeric code)、量纲(Dimensionality)及描述(如果有的话)。此ZIP压缩文件之中包括:1) CSV文本格式的LOINC/IEEE医疗器械代码映射表;其中,每条记录分别为一行(行尾以回车与换行符CR/LF结束),且字段之间采用逗号加以分隔。2) 文本文件格式的LOINC许可协议。

LOINC/RSNA 放射医学操作项目术语集文件

LOINC/RSNA 放射医学操作项目术语集(LOINC/RSNA Radiology Playbook)是北美放射学会(Radiological Society of North America,RSNA)与Regenstrief研究院之间的一项协作成果,旨在为放射医学操作项目构建的统一的命名模型。主文件之中收录的是LOINC放射医学术语、那些作为LOINC组成部分(LOINC Parts)与RadLex 术语统一模型的属性取值以及任何与RadLex术语集(RadLex Playbook)术语的合适映射关系之间的联系。此ZIP压缩文件之中包括:1) CSV文本格式的LOINC/RSNA 放射医学操作项目术语集文件;其中,每条记录分别为一行(行尾以回车与换行符CR/LF结束),且字段之间采用逗号加以分隔。2) 文本文件格式的LOINC许可协议。

参考文献

  • 维基百科编者. 觀測指標標識符邏輯命名與編碼系統[G/OL]. 维基百科, 2013(20130313)[2014-10-12]. 原文链接.

参阅

LOINC国际化

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